อย่างไรก็ตาม การที่ไข่มีประโยชน์ไม่ได้หมายความว่าจะรับประทานอย่างไรก็ได้โดยไม่ต้องคำนึงถึงความปลอดภัย ความเสี่ยงสำคัญประการหนึ่งคือการปนเปื้อนของเชื้อจุลินทรีย์ เช่น เชื้อซัลโมเนลลา ซึ่งอาจทำให้เกิดอาการท้องเสีย ปวดท้อง มีไข้ คลื่นไส้ และอาเจียนได้
สิ่งสำคัญคือ ไม่ใช่ไข่ทุกฟองจะเป็นอันตราย และไม่ควรสรุปว่าการกินไข่เพียงอย่างเดียวเป็นสาเหตุของการเสียชีวิต หากไม่มีข้อมูลทางการแพทย์และหลักฐานที่เพียงพอ การป่วยหลังรับประทานอาหารอาจเกี่ยวข้องกับอาหารมื้อนั้น แต่ก็อาจเกิดจากสาเหตุอื่นได้เช่นกัน
ผู้บริโภคควรเลือกซื้อไข่จากแหล่งที่เชื่อถือได้ ตรวจสอบสภาพเปลือก และเก็บรักษาตามคำแนะนำบนบรรจุภัณฑ์ ที่สำคัญควรปรุงไข่ให้สุกทั่วถึง และล้างมือหลังสัมผัสไข่ดิบทุกครั้ง
การดูแลความปลอดภัยของอาหารไม่จำเป็นต้องเริ่มจากการเลิกกินไข่ แต่ควรเริ่มจากการเปลี่ยนพฤติกรรมที่มีความเสี่ยง เช่น การกินไข่ดิบ การใช้ภาชนะที่ปนเปื้อน และการวางอาหารปรุงสุกไว้ในอุณหภูมิที่ไม่เหมาะสมเป็นเวลานาน
